Место действия
В Assassin's Creed: Истоки местом действия является Египет. Игровая площадь Египта в три раза больше чем в Assassin's Creed IV: Black Flag и разделена на пять регионов: Гиза, Мемфис, Сива, дельта реки Нил и Файюм. В каждом регионе будут находиться архитектурные памятники такие как пирамиды и храмовые комплексы. Действие игры разворачивается в 49 году до нашей эры, во время заката империи династии Птолемеев.

Каждый регион имеет свои особенности: Гиза и Мемфис являются столицами региона, в которых находятся пирамиды и известные памятники, такие как Сфинкс. Сива является родной деревней Байека и представляет из себя засушливое и изолированное место на окраине Египта. В Сиве находятся подземные некрополи, которые можно исследовать. Дельта Нила является центром жизни диких зверей и земледелия. Также можно встретить крестьян, которые занимаются возделывание своих участков и солдат с надсмотрщиками, которые осуществляют контроль за ними. Файюм является одним из оазисов Египта. Раньше там находилось море, но теперь это место является кладбищем для останков древних китов.

Транспорт и занятия
Перемещение по территории Египта возможно и по суше и по воде. Сухопутный транспорт представлен в игре лошадьми, верблюдами и колесницами. Водный транспорт представлен различными лодками. Находясь на борту судна, персонаж может использовать щит, чтобы укрыться от стрел. Возможность нырять также присутствует, благодаря чему можно исследовать подводные объекты в поисках сокровищ. Охота на диких зверей возвращается. Хищники в игре представлены пустынными львами, гиенами, крокодилами и бегемоты. На них можно охотиться и использовать их в качестве ловушки для врагов.

Персонажи, кастомизация и оружие
Также как и в Assassin's Creed: Единство и Assassin's Creed: Синдикат, у персонажа имеются навыки. В Assassin's Creed: Истоки есть три ветки навыков: Воин, Охотник и Пророк. Навыки Воина отвечают за ведение боев, навыки Охотника отвечают за владение луком, навыки Пророка отвечают за взаимодействие с окружающим миром. По мере выполнения основных и дополнительных заданий игрок получает опыт, по достижении которого повышается уровень его персонажа и появляются очки навыков для их распределения.

Костюмы персонажа теперь не имеют бонусов к характеристикам и они носят теперь косметический эффект. Костюмы можно перекрашивать. Новые цвета можно получить и как в качестве награды за задание так и приобрести у торговцев. Снаряжение персонажа можно улучшать. Улучшить можно: нагрудник, наручи, сумки, лук и скрытый клинок. Нагрудник отвечает за показатель здоровья и выживаемость в бою, наручи отвечают за нанесение урона в боях, различные сумки увеличивают количество переносимых вещей, таких как дротики и метательные ножи. Лук отвечает за нанесение дистанционного урона, а скрытый клинок отвечает за нанесение урона в режиме скрытности. Также как и в Assassin's Сreed: Синдикат, для улучшения снаряжения необходимы ресурсы. Все предметы для игрока теперь подразделяются на обычные, редкие и легендарные.

Максимальный уровень игрока является 40 уровнем. В игре присутствуют жесткие рамки по уровню: персонаж 10 уровня не сможет убить цель 20 или 40 уровня.

Все оружие для персонажа разделено на дистанционное и ближнее. Дистанционное оружие представлено луками. Ближнее оружие представлено различными одноручными и двуручными мечами, булавами, копьями. Двуручные мечи и булавы обладают максимальным уроном и широким радиусом поражения, но низкой скоростью атаки. Одноручные мечи обладают средним уроном, но имеют высокую скорость атаки.

Они позволяют нанести большое количество урона за короткий промежуток времени. Мечи представлены как одноручные так и парные. В зависимости от того, каким видом оружия экипирован персонаж, меняется его движение и добивающие удары. Древковое оружие представлено копьями. Они позволяют сбить с ног несколько врагов. Лук также является неотьемленой частью арсенала. Они хороши как и на дальней, так и на средней дистанции.

В игре присутствует четыре вида луков: лук воина, лук охотника, лук хищника и облегченный лук. Лук воина позволяет выстрелить пятью стрелами разом, лук охотника позволяет пробить щит противника, лук хищника позволяет управлять полетом стрелы в бою, облегченный лук позволяет выпускать стрелы без натягивания тетивы. Защита в игре представлена одноручными щитами. Щит позволяет парировать атаки противников, защищаться от стрел и оглушать противников.

Две дополнительные миссии : "Морское сражение" и "Тайны первых пирамид" будут доступны для тех кто предзаказывал игру. Ubisoft также анонсировали Сезонный пропуск, в который входит следующий контент:

Незримые - спустя годы после событий основного сюжета, Байек отправится на Синайский полуостров и окажется втянут в противостоянии между римлянами и теми, кому их господство не по нраву.

Проклятие Фараонов - Байеку придётся раскрыть тайну и лицом к лицу столкнуться с ожившим кошмаром.
Наборы персонализации: "Гор" и "Центурион".