В Assassin’s Creed, как и во многих других Freeplay-проектах, включая самый известный из них, Grand Theft Auto, игрок поощряется за исследование игрового мира. Так, в каждой локации есть определённое число спрятанных флагов. Чтобы их добыть, игрок должен проявить внимательность и умение использовать внутриигровой паркур. Примечательно, что флаги получили названия не только исходя из их местоположения. Например, в Акре находится армия Госпитальеров, как следствие, игрок должен собрать Hospitaliers’ Flags; в занятом же мусульманами Дамаске находятся флаги Сарацинов (Saracens’ Flags). К более важным для прохождения сторонним заданиям можно отнести обнаружение всех смотровых вышек. Так называются специальные башни, в несколько раз превышающие по высоте прочие строения, близь вершины которых из стены торчит жердь, на которую приземляются орлы. Если Альтаир заберётся на эту жердь, он сможет осмотреть определённый радиус местности и уточнить карту. Иным способом это сделать нельзя, даже если оббегать Королевство вдоль и поперёк. Сбор всех флагов и нахождение всех вышек для каждой местности имеет и другую пользу. После прохождения игры становятся доступны дополнительные Воспоминания. Последним дополнительным заданием является помощь жителям. В любом городе есть несколько граждан, на которых напала стража. Если перебить всех солдат и спасти мирного жителя, то рядом с этим местом появится четверо гражданских, которые будут помогать убийце уходить от преследования. Они станут хватать солдат, которые попытаются напасть на Альтаира. Для системы жизней Ubisoft обыграла тему генетических воспоминаний. По сути, у героя нету жизней, есть уровень синхронизации Дезмонда и Альтаира. Падения с высоты, пропущенные выпады стражи или точные попадания стрел наносят урон синхронизации. В случае смерти или падения в воду (Альтаир не умеет плавать) игра сообщает, что произошла десинхронизация и отклонение от жизненного пути предка, и предлагает загрузить последнее стабильное воспоминание. Игрок начинает с заполненной панелью синхронизации, однако, после своего разжалования у Альтаира остаётся всего 5 делений. Синхронизация улучшается после каждой успешно выполненной миссии. Кроме того, её можно восстановить с помощью дополнительных заданий. Каждые 15 выполненных сторонних миссий, включающих спасение жителей и нахождение вышек, добавляют на панель ещё одно деление.
