Сражения в игре происходят в реальном времени, необходимо лишь «Захватить цель» и выхватить меч. Конечно, гораздо лучше совершить незаметное убийство, но после удачного покушения с солдатами всё равно придётся иметь дело. В Ubisoft создали достаточно простую боевую систему, которая благодаря разнообразной и качественной анимации, а также кинематографической работе камеры выглядит эффектно и жестоко. Бои всегда проходят на мечах и Альтаир волен делать выпады, ставить блок и контратаковать. Первые два действия вполне могут принести пользу против небольшого количества врагов. Контратаки, в свою очередь, являются краеугольным камнем игры. Именно они являются самым красочным способом убийства, однако, как только игрок научится их точно использовать, любые сражения перестают быть увлекательными, сложности же им добавляют с количеством оппонентов. Весь бой, даже если против игрока стоит целая армия, представляет собой дуэль: враг нападает строго по одному. От игрока требуется вовремя подсветить того, кто будет нападать, выждать в блоке удобного момента и контратаковать. Альтаир тоже может наносить атакующие удары, причём как слабые, так и сильные, в зависимости от долготы нажатия на клавишу атаки, и его атаки солдаты также могут отражать. Альтаир имеет при себе несколько видов орудий убийства.
* Кроме необходимого и полученного первым делом клинка, у убийцы есть короткий меч, также необходимый для дуэлей со стражей. Он несколько слабее противостоит нападающим взмахам меча противника, но предлагает альтернативный ряд фаталити-приёмов.
* На больших дистанциях вместо короткого меча, игроку даются метательные ножи, число которых растёт от 5 до 15 на протяжении всей игры. Если захватить врага и метнуть в него нож, то тот всегда будет повержен. Исключением служат случаи, когда на пути ножа встанет какая-либо конструкция или другой NPC. Возобновлять количество ножей можно с помощью бандитов на улицах городов. Если незаметно обшарить карманы верзилы, игрок заработает пять ножей, еже ли вызвать того на драку — в случае победы достанется только один.
* Самым часто используемым оружием незаметного убийцы служит скрытый кинжал. Он укреплён в специальном механизме на запястье и выдвигается в случае необходимости вдоль ладони. С таким устройством Альтаир может убивать врага в спину и незаметно скрываться от всех потенциальных свидетелей. Игрок в состоянии убить жертву с помощью скрытого кинжала, напав с любой стороны. Важным фактором здесь является скорость — если солдат вас вычислит раньше, чем получит лезвием в горло, он с лёгкостью перехватит вашу руку, и убийце придётся сражаться со своей жертвой в честном бою на мечах. Хотя в режиме дуэли со скрытым кинжалом Альтаир не может парировать удары, контратаки с помощью кинжала выглядят особо жестокими. Также, нападение в этом режиме работает лишь, когда враг дразнит героя либо отдаёт приказы другим солдатам.
* Самым бесполезным «оружием» являются собственные руки героя. Они нужны только для драк с бандитами или для того, чтобы схватить врага и оттолкнуть его в сторону. Последний приём полезен в сражениях со стражей, если игрок грамотно воспользуется окружающей средой.
